Grupa została założona w Poznaniu w 2004 roku przez Michała Wiraszkę, Piotra Maciejewskiego i Szymona Waliszewskiego. Zespół został obwołany odkryciem roku 2006 przez miesięcznik Machina i Program 3 Polskiego Radia. Pierwszy singel zespołu pt. Miasto doznań osiągnął w maju 2007 r. 7. miejsce na Liście Przebojów Programu Trzeciego Polskiego Radia. Zespól stał się znany i koncertował na głównej scenie gdyńskiego Openera, czy też, Michał Wiraszko przewodził organizacji festiwalu w Jarocinie.

19 listopada ukazał się debiutancki album grupy, noszący tytuł Terroromans, uznany za „Płytę Roku” przez słuchaczy PR3. Zespół zdobył także tytuł „Zespołu Roku 2007” Programu 3 Polskiego Radia. Ponadto grupę uhonorowano trzema nagrodami „Miazga 2007” magazynu Pulp, w kategoriach zespół, płyta i piosenka (Miasto doznań) roku. Głos Wielkopolski przyznał zespołowi „Medal Młodej Sztuki 2007”. Muchy zostały również nominowane do Eska Music Awards 2008 w kategorii „Album roku ROCK” i do Fryderyka 2008 w kategorii „Nowa twarz fonografii”, a także do nagrody Nocne Marki 2008 pisma Aktivist w kategorii „zespół roku”. W styczniu 2008 roku do zespołu dołączył Tomasz Skórka, który wystąpił po raz pierwszy podczas transmitowanego na antenie Programu 3 Polskiego Radia koncertu w studiu im. Agnieszki Osieckiej.

W październiku 2009 roku zespół rozpoczął pracę z producentem Marcinem Borsem nad nowym albumem. 8 marca 2010, nakładem Sony Music Entertainment Poland, miała miejsce premiera drugiego albumu zespołu Muchy – Notoryczni debiutanci. Pierwszy promujący płytę singiel – Przesilenie – wspiął się na 1. miejsce list przebojów Programu Trzeciego Polskiego Radia, Radia Merkury i Radia Afera. W 2010 roku zespół zagrał ponad 70 koncertów.
W lutym 2011 roku jeden z założycieli zespołu, Piotr Maciejewski, opuścił skład zespołu. Powodem była chęć zajęcia się solowymi projektami. Jego miejsce zajął Damian Pielka, który wcześniej występował m.in. z Lechem Janerką. We wrześniu 2012 roku wydany został trzeci album studyjny zespołu zatytułowany Chcecicospowiedziec. Materiał na płytę był nagrywany we Wrocławiu i Srebrnej Górze, a produkcją ponownie zajął się Marcin Bors. Pierwszy utwór z wydawnictwa, Nie przeszkadzaj mi, bo tańczę, został opublikowany jeszcze w 2011 roku.
W lutym 2011 roku Piotra Maciejewskiego zastąpił Damian Pielka. Od 2012 roku z zespołem występuje także Krzysztof Zalewski-Brejdygant. W roku 2013 Szymona Waliszewskiego zastąpił za perkusją Łukasz Stachowiak, a do zespołu dołączył także Michał Puchała. W kwietniu 2018 roku przy okazji wydawnictwa Xerroromans i nadchodzącej trasy koncertowej do składu zespołu powrócili Piotr Maciejewski oraz Szymon Waliszewski. W czerwcu 2021 roku zespół za pośrednictwem mediów społecznościowych poinformował, że do składu zespołu dołączył Piotr Kołodyński.
Wydany 16 lipca 2021 album Szaroróżowe został znowy doceniony przez słuchaczy radia 357 (nowpowstałego radia na gruzach radiowej Trójki) . Read more on Last.fm. User-contributed text is available under the Creative Commons By-SA License; additional terms may apply.